La bandera,  que recoge en su mayoría los colores y símbolos del escudo, está compuesta por tres franjas rectangulares, iguales entre sí pero en colores diferentes: rojo, verde y azul, con un libro abierto en el centro y sobre ella una espiga de trigo.  

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La primer sección, de color rojo, representa el amor Misericordioso de Dios, que brota del corazón del Padre, y se ha revelado plenamente en la encarnación de su Hijo Jesucristo, en el seno virginal de María, quien como máximo signo de su obediencia al Padre y amor por nosotros se ha entregado completamente hasta derramar su sangre en la Cruz. Y para hacernos partícipes, a todos, de su inefable gracia, también junto con el Padre han donado su Santo Espíritu, que con el fuego abrazador de Pentecostés sigue inflamando los corazones de todos los hombres y mujeres, por los siglos de los siglos.

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La segunda sección, de color verde, constituye el pueblo de Dios que como tierra fértil, recibe la semilla de la revelación, a través de la Palabra de Dios, representada en el libro abierto puesto en el centro, que gracias a la enseñanza y experiencia de la Iglesia, a través de los siglos, ha germinado en el corazón de generaciones y generaciones, y hoy sigue produciendo frutos abundantes, los cuales vienen representados por la espiga, puesta encima de la Palabra, como emergiendo de ella, así simboliza, en primer lugar, la abundancia de gracia que se derrama en la Santa Eucaristía y en los demás sacramentos que santifican sin cesar a hombres y mujeres de todos los rincones de la tierra. El color verde no solo simboliza el campo cultivado, del que hace parte esta porción del pueblo de Dios que peregrina en la diócesis de Garagoa, sino también la esperanza cristiana que le caracteriza, y por la que se impulsan y consolidan iniciativas tan importantes como la formación  de nuestros líderes y colaboradores, hoy a través del Instituto de Pastoral Ministerial Juan Eliseo Mojica Oliveros, cuyas iniciales allí mismo sobresalen: INPAMI. 

La tercera sección, de color azul, representa a la Santísima Virgen María, Madre de Dios y Madre Nuestra, recibida como tal a los pies del crucificado, quien se convierte en modelo insigne de discipulado, compañera de nuestro caminar y protectora inigualable en todos los momentos de la vida, bajo cuyo cuidado maternal, en su advocación de Nuestra Señora del Amparo de Chinavita, ponemos a todos los miembros de nuestra diócesis: el obispo con los sacerdotes, religiosos y religiosas, y todos los fieles laicos que en ella peregrinan.